何かしらの事情により、二段階認証で使用したアプリが開けず、コードを取得できなくなった場合、二段階認証を設定した際に発行された5つのリカバリーコードがあれば、それを使用してサインインすることが可能で、そこから二段階認証の再設定が可能です。
リカバリーコードは下記のような書式で発行されていて、1行で1つのコード(計5つ)となります。
SJn4-E9KB-Dw2V
2JWN-8FZ6-m4p5
HDZu-yvjE-XFUb
GgF6-FgCY-dY57
tyWN-kdfp-nZvj
- [Recover account]をクリック

- リカバリーコードを入力し[Continue]

- 次のページで、「サインインに進む」「二段階認証の再設定」「新しいリカバリーコードの再発行」を選択できます。

二段階認証の設定の時に発行されたリカバリーコードを保管していなかった場合、サインインする方法はないため、既に申請済みのアプリケーションにアクセスしたい場合は、新規でGCKeyを作成し、その後、申請済みアプリケーションをリンクさせるという処置が必要になります。
もし申請を完了していない状態なら、新規でGCkeyアカウントを作成し、申請を最初から行ってしまった方が手っ取り早いかもしれません。