僕も毎回比較して、少しでも安ければ「Subscribe & Save」で購入し、キャンセルしていますが問題になったことは一度もありません。
最初の頃は、念のため商品が届いた後にサブスクをキャンセルするようにしていましたが、注文後すぐにキャンセルしても注文に影響がないことを知ったため、今は注文完了後、忘れないように即サブスクをキャンセルし、注文済みの商品に影響がないことを確認するようにしています。
そもそも、規約上でもいつキャンセルしてもよいと謳っているので、罪悪感を持つ必要なく堂々と安い方で購入するのが得策です。